Existem algumas mudanças no PHP 5 a respeito de bancos de dados (MySQL and SQLite).
No PHP 5 as bibliotecas do cliente MySQL não são nativas, por problemas de licença e manutenção. O MySQL continua sendo suportado tendo como única mudança que o suporte ao MySQL não é mais ativado por padrão no PHP 5. Isso basicamente significa que o PHP não inclui a opção --with-mysql na linha de configuração, de forma que agora você deve fazer isso manualmente ao compilar o PHP. Usuários do Windows precisarão editar o php.ini e habilitar a DLL php_mysql.dll. Como no PHP 4 tal DLL não existe, estando simplesmente incluída nos binários PHP do Windows.
Existe também uma nova extensão, MySQLi (Improved MySQL), que foi desenvolvida para trabalhar com MySQL 4.1 e superiores.
A partir do PHP 5, a extensão SQLite é embutida no PHP. SQLite é um banco de dados SQL embutido e não uma biblioteca cliente usada para conectar em um grande servidor de banco de dados (como MySQL ou PostgreSQL). A biblioteca SQLite lê e escreve diretamente nos arquivos do banco de dados no disco.